Dentro de los principales impactos sobre los ecosistemas fluviales de la cuenca del Guadiana, se encuentran las basuras y vertidos que se tiran y vierten sobre los cauces. Ambas son actividades constantes y permanentes en el cauce del río Guadiana y sus afluentes. Por ello, se vienen realizando campañas de limpieza de basuras. A continuación se muestran algunas estadísticas de los trabajos de limpieza realizados:
Resultados de una de las campañas de limpieza realizadas por zonas